A szovjet hírszerzésnek dolgozott Kirill, Moszkva és egész Oroszország pátriárkája az 1970-es években, amikor Svájcban élt.
A Le Matin Dimanche és a Sonntagszeitung című svájci lap által idézett, az 1970-es években írt rendőrségi dokumentum szerint a „Kirill őexcellenciája” (Monsignore Kirill) néven említett pátriárka „a KGB-hez tartozik”. Kirill az 1970-es években a moszkvai patriarkátust képviselte az Egyházak Világtanácsának (WCC) genfi székhelyén, és a svájci rendőrség szerint Mihajlov fedőnéven az volt a feladata, hogy befolyásolja a szervezetet.
A tanácsba a hatósági dossziék szerint a hetvenes és nyolcvanas években a KGB több embere beszivárgott. A szovjet hírszerzés célja az volt, hogy csitítsák a Szovjetunióban tapasztalható vallásüldözés miatti bírálatokat, és a szervezet az Egyesült Államokat és szövetségeseit kritizálja inkább – írják a svájci lapok.
Az orosz ortodox egyház nem volt hajlandó kommentálni a hírt.
Az Egyházak Világtanácsa részéről viszont annyit közöltek, nem kaptak az ügyről semmilyen tájékoztatást.
Kirillt unokaöccse, Mihail Gungyajev követte genfi posztján, aki a Le Matin Dimanche című svájci lapnak adott interjújában leszögezte: nagybátyja nem volt ügynök, bár a KGB „szigorú ellenőrzése” alatt állt.
„Ám ez nem befolyásolta elhivatottságát a más egyházakkal közösen végzett ökumenikus tevékenység felé” – tette hozzá Gungyajev. Kiemelte, hogy nagybátyja megszerette Svájcot és később is többször visszatért az országba, a lap pedig hozzátette, hogy
a pátriárka legalább 43 alkalommal járt Svájcban.
Kirill pátriárka 2019-ben, a WCC vezetőjével, Jean-René Fournier-vel Moszkvában folytatott megbeszélésein maga is kitért arra, hogy a világ összes országa közül valószínűleg a legtöbbször Svájcban járt, amelyet különösen szeret.